A compatibilidade (com fontes e binários) deverá ser mantida, e os nomes de pacotes também serão mantidos (exceto os dos fontes). As razões da mudança (que não se restringe às arquiteturas embarcadas) foram sumarizadas em um post de um mantenedor do pacote no Debian.

Aparentemente, no entanto, boa parte das razões da decisão parecem repousar na atitude do principal mantenedor da GNU libc, Ulrich Drepper, e na qualidade da comunicação com ele, com alguns exemplos mencionados no mesmo post acima.

Referências:

http://br-linux.org/2009/atitude-debian-substituindo-a-gnu-libc-pela-eglibc/

http://www.osnews.com/story/21441/Debian_Switching_to_EGLIBC

http://lwn.net/Articles/332000/

http://blog.aurel32.net/?p=47